对于同类或结构类型近似的物质，若采用萃取、简单的离子交换法都很难分离时，可采用色谱法进行分离。

①薄层色谱(TLC)法

TLC法是把载体均匀地涂布在玻璃板上形成一薄层，将欲分离的样品点加在薄层上，然后用合适的溶剂展开，以达到分离和鉴定的目的。载体有硅胶和氧化铝等。薄层色谱不仅适用于少量样品的分离，也可用于较多样品纯化。薄层色谱在表面活性剂的分离上有很广泛的应用。

②纸色谱法

纸色谱是将试样点在滤纸上，通过溶剂展开而分离。纸色谱法常用的滤纸有进口的Whatman纸，纸色谱的使用范围与薄层色谱类似。

③柱色谱法

柱色谱是将吸附剂（硅胶和氧化铝）装入玻璃柱中，再用用极性不同的溶剂作梯度洗脱，洗脱时一般按溶剂的极性由小到大顺序加入，常用的有机溶剂按极性由小到大的顺序排列如下: 正己烷<石油醚<环己烷<四氯化碳<苯<甲苯<氯仿<乙醚<乙酸乙酯<丙酮<乙醇<甲醇<水<乙酸<甲酸。
柱色谱常用于分离各种类型的非离子组分，柱色谱在纺织助剂混合物中分离常被推荐。虽然柱色谱目前已发展为分离效果更佳的高压液相色谱，但由于其分离量可以随意选择，故仍然被经常使用。

④气相色谱（GC）和高压液相色谱（HPLC）法

气相色谱：将样品裂解成可挥发的小分子，再用气相色谱直接分离和鉴定这些物质。气相色谱的分离效率据所有色谱之首，选用合适的固定相和操作条件，能将沸点差别很小的物质分开，但可惜其分离量实在太小，一般作为鉴定的手段使用。高压液相色谱选用溶剂做流动相，对于挥发性低，热稳定性差、分子量大的高分子化合物，以及离子型化合物都可以分离。在分析分离时，气相色谱（GC）和高压液相色谱（HPLC）法两者可以互补，但均需标样，现在有将GC和 HPLC与MS联用的仪器，改进了分析时需标样的缺点，但仪器太贵，一般实验室难以配备。